《清代巡台御史巡台文献（繁体版）》以巡台御史的巡台文献为整理与研究对象；从散见于清代官方档案、地方志书，以及巡台御史的文集中，搜集整理巡台御史在巡台期间留下的重要文献。
清政府为加强对台湾的有效治理，以闽台合治将台湾纳入福建地方治理之同时，自康熙六十年每年钦差满、汉御史各一名到台湾巡察，推行朝廷政令，反映台湾地方舆情。至乾隆五十二年，共有47位御史先后巡台，并留下了反映清政府直接管辖与有效治理台湾的历史文献。本书以巡台御史的巡台文献为整理与研究对象；从散见于清代官方档案、地方志书，以及巡台御史的文集中，搜集整理巡台御史在巡台期间留下的重要文献。为研究者引用之便，我们按照文献体裁分为四编：
第一编巡台奏折。1980年代台湾束海大学何孟兴撰写《清初巡台御史制度之研究》时，在附录“宫中档巡台御史奏折分类表”中，共列出巡台御史奏折一百七十五份，并认为“其它多已佚散”。本编共收录巡台御史巡台奏折二百三十八份。按奏折之功能分为三卷：第一卷奏事折，二百一十九份；第二卷请安折，四份；第三卷谢恩折，七份；另有八份奏折因无法辨清，暂列为存目。需特别指出的是，以上所列二百三十八份奏折，其中九十份是从九州岛出版社刚刚出版的《明清宫藏台湾档案汇编》中整理而成，仅此窥见《明清宫藏台湾档案汇编》的出版，为如实追记中央政府对台湾的有效管辖，提供了更为系统完整的史料依据。为读者阅读之便，我们将庄吉发《清代奏折制度.绪论》附列于后。
第二编巡台著述。收录黄叔礅《台海使槎录》和六十七等人《番社采风图考》两部。第一卷为黄叔墩《台海使槎录》，第二卷为六十七等人《番社采风图考》。考虑到巡台御史的诗集大部分并非巡台期间所[作，故未能作为巡台著述收录。
自序
整理蜕明
第一编翅台奏折
第一卷奏事折
第二卷请安折
第三卷谢恩折
附录：庄吉发《清代奏折制度．绪论》
第二编巡台著述
第一卷台海使槎录
鲁序
赤嵌笔谈
番俗六考
番俗杂记
附录：《台湾文献丛刊》（第四种）前言
第二卷番社采风图考
范序
番社采风图
两采风图合卷
台番图说
台湾内山番地风俗图
附录一：台海采风图序
附录二：记采风圃后
附录三：海束选搜圃序
附录四：《台湾文献丛刊》（第九十种）
弁言
第三编 文献辑录
使署闲情
范序
庄序
卷一 赋
卷二 诗
卷三 政论
卷四杂着
张跋
陈跋
附录：《台湾文献丛刊》（第一二三种）
后记
第四编 诗文杂记
第一卷诗文
第二卷杂记
附录：清代巡台御史表
后记
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