植物基因组学_樊龙江_9787030633132_厦门外图集团有限公司

《植物基因组学》分为总论和各论两篇，分别包括 15 章和 10 章。总论系统介绍了植物基因组学的基础理论和方法，包括植物基因组测序拼接、转录修饰、进化选择、育种利用，以及植物单细胞基因组、三维基因组和合成基因组等前沿研究，同时兼顾植物群体基因组和细胞器基因组等主题。总论提供了植物基因组的总体概貌和共性知识。各论着重介绍了代表性植物物种（如模式植物、重要农作物和进化起源相关植物）的基因组。各论展现了植物基因组的多样性和异质性。

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目录 Contents 第一篇总论第1-1章绪论002 第一节基因组及基因组学概念 002 一、基因组基本概念 002 二、基因组学及其技术概述 004 三、基因组学发展简史 006 第二节植物基因组测序历史与特征 011 一、植物基因组测序历史及其进展 011 二、植物基因组特征 013 第三节植物基因组学展望 015 一、植物基因组学研究路线图 015 二、植物基因组学面临的挑战与展望 016 第1-2章植物基因组测序与拼装 018 第一节基因组概貌调查 018 一、细胞遗传学分析 018 二、基因组调查测序与K-mer分析 020 第二节植物基因组测序 023 一、目前主要测序技术 023 二、植物基因组测序策略 025 第三节植物基因组拼接组装 026 一、基因组拼接 026 二、染色体水平组装 029 第1-3章植物基因组构成 032 第一节植物基因组大小与基本结构 032 一、植物基因组大小 032 二、植物基因组基本结构 034 第二节植物基因组主要构成因子 035 一、蛋白质编码基因 035 二、非编码基因 043 三、重复序列 051 第1-4章植物基因组转录 054 第一节植物基因组转录概述 054 一、转录组及其测定 054 二、基因转录水平分析 056 三、植物基因组转录调控 057 第二节植物基因组转录特征 058 一、植物转录本构成及其数量 058 二、蛋白质编码基因转录水平与特征 059 三、发育和环境胁迫下编码基因转录变化 062 四、发育和环境胁迫下非编码基因转录变化 065 第1-5章植物基因组表观遗传修饰 068 第一节植物基因组甲基化 068 一、DNA甲基化及其测定 068 二、植物发育与胁迫过程DNA甲基化变化 073 第二节植物基因组印记 075 一、基因组印记概述 075 二、植物基因组印记研究举例 079 第1-6章植物基因组进化 083 第一节植物基因组起源与复制 083 一、植物基因组起源与进化 083 二、基因组复制 088 第二节基因组突变、重组与转座 089 一、DNA突变与修复 089 二、同源重组 091 三、转座 096 第三节基因组多倍化 098 一、基因组片段倍增 098 二、基因组多倍化方式 102 三、基因组多倍化后二倍化过程 105 第四节其他基因组进化机制 107 一、横向基因转移 107 二、B染色体 110 第1-7章植物群体基因组 113 第一节群体基因组学概述 113 一、群体基因组变异检测 113 二、群体基因组进化分析方法 114 三、基因组选择信号检测方法 116 四、泛基因组分析 118 第二节自然群体基因组特征与自然选择 119 一、自然群体基因组变异 119 二、群体起源和进化历史 121 三、自然选择位点及其特征 123 第三节作物群体基因组特征与人工选择 125 一、人工选择对作物基因组的影响 125 二、作物群体结构 131 三、作物基因组人工选择位点 133 四、遗传渐渗与环境适应 136 五、作物泛基因组 136 第1-8章植物单细胞基因组 139 第一节单细胞基因组学概述 139 一、单细胞及其基因组研究历史 139 二、单细胞基因组学关键技术 141 第二节植物单细胞基因组研究 147 一、植物单细胞基因组研究案例 147 二、植物单细胞基因组学展望 149 第1-9章植物三维基因组 152 第一节三维（3D）基因组学概述 152 一、三维基因组及其分析技术 152 二、三维基因组学应用领域 156 第二节植物三维基因组研究 162 一、基于三维构象的植物基因组组装 162 二、植物基因组三维构象与调控元件特征 163 第1-10章植物合成基因组 166 第一节合成生物学概述 166 一、合成生物学概念及其技术 166 二、植物合成基因组意义与展望 171 第二节植物基因组设计与合成 172 一、植物次生代谢途径人工合成 173 二、光合途径与高光效植物创制 175 三、植物底盘基因组 178 第1-11章叶绿体基因组 180 第一节叶绿体基因组概述 180 一、叶绿体及其基因组测序进展 180 二、叶绿体基因组结构与转录 183 第二节叶绿体基因组特征与利用 187 一、叶绿体基因组进化缓慢 187 二、叶绿体基因组横向转移 187 三、叶绿体基因组利用 189 第1-12章植物线粒体基因组 192 第一节植物线粒体基因组概述 192 一、植物线粒体及其基因组测序进展 192 二、植物线粒体基因组结构 193 第二节植物线粒体基因组特征与利用 197 一、线粒体基因组大小跨度大 197 二、动植物线粒体基因组存在明显差异 199 三、RNA编辑 202 四、植物线粒体基因组利用 203 第1-13章植物功能基因组学 205 第一节功能基因定位与关联 205 一、数量性状基因座定位 205 二、全基因组关联分析 207 三、混池分离分析 209 第二节突变体创制与分析 211 一、理化诱变 212 二、插入突变 214 第三节基因功能分析技术 216 一、基因编辑 216 二、RNA干扰 223 三、植物表型组学技术 225 第1-14章组学数据育种利用 229 第一节组学数据与作物育种 229 一、作物育种过程及其遗传本质 229 二、作物组学数据育种利用途径 231 第二节作物育种选择的基因组学解析 237 一、遗传重组率图谱 238 二、作物遗传传递及其变异 239 三、杂种优势 243 第三节组学相关育种技术 247 一、基因组选择 247 二、大数据技术及其育种利用 249 第1-15章植物基因组数据资源 255 第一节综合性基因组数据资源 255 一、国际公共基因组数据库 255 二、植物综合性基因组数据库 256 第二节植物转录与修饰相关数据资源 259 一、植物转录相关数据库 259 二、植物表观遗传修饰相关数据库 262 第二篇各论第2-1章拟南芥基因组 266 第一节拟南芥基因组概况 266 一、拟南芥及其系统发生关系 266 二、基因组测序历史与进展 267 三、基因组基本构成及其数据库 269 第二节拟南芥基因组特征与进化 273 一、首个植物基因组倍增证据 273 二、植物模式基因组构成 274 三、植物自然群体基因组变异 276 第三节拟南芥基因组转录与功能 277 一、拟南芥基因组转录与修饰 277 二、拟南芥功能基因及其基因组分布 280 第2-2章水稻基因组 282 第一节水稻基因组概况 282 一、稻属系统发生关系与基因组大小 282 二、基因组测序历史与进展 285 三、基因组基本构成及其数据库 288 第二节水稻基因组特征与进化 292 一、古老多倍体 292 二、基因组提供籼稻与粳稻驯化起源的证据 293 三、栽培稻可能发生去驯化过程 295 第三节水稻基因组转录与功能 297 一、基因组转录与修饰 297 二、重要农艺性状功能基因位点 301 第2-3章玉米基因组 304 第一节玉米基因组概况 304 一、玉蜀黍属系统发生及其基因组测序进展 304 二、基因组基本构成及其数据库 309 第二节玉米基因组进化与功能 311 一、基因组特征与进化 311 二、基因组转录与功能 315 第2-4章小麦基因组 320 第一节小麦基因组概况 320 一、小麦系统发生及其基因组测序情况 320 二、普通小麦基因组基本构成及其数据库 325 第二节小麦基因组进化与功能 327 一、基因组特征与进化 327 二、基因组转录与功能 334 第2-5章大豆基因组 342 第一节大豆基因组概况 342 一、大豆系统发生及其基因组测序情况 342 二、基因组基本构成及其数据库 345 第二节大豆基因组进化与功能 347 一、基因组特征与进化 347 二、基因组转录与功能 349 第2-6章棉花基因组 355 第一节棉花基因组概况 355 一、棉属系统发生及其基因组测序进展 355 二、棉花基因组基本构成及其数据库 358 第二节棉花基因组进化与功能 359 一、基因组特征与进化 359 二、基因组转录与功能 362 第2-7章油菜基因组 369 第一节油菜基因组概况 369 一、油菜基因组大小及其测序进展 369 二、油菜基因组基本构成及其数据库 372 第二节油菜基因组进化与功能 373 一、甘蓝型油菜基因组特征与进化 373 二、基因组转录与修饰 376 三、功能基因基因组关联分析 380 第2-8章蔬菜基因组 385 第一节蔬菜基因组概述 385 一、蔬菜主要种类及其基因组测序情况 385 二、蔬菜基因组特征与进化 389 第二节蔬菜基因组功能与利用 393 一、番茄果实发育相关功能基因 393 二、蔬菜瓜果风味功能基因 394 第2-9章林果花卉基因组 400 第一节林果花卉基因组概述 400 一、主要林果花卉种类及基因组大小 400 二、林果花卉基因组测序概况 402 三、林果花卉基因组特征与进化 407 第二节林果花卉基因组功能与利用 413 一、风味和营养形成相关功能基因 413 二、花卉观赏性状相关基因 416 三、其他重要性状基因位点鉴定 418 第2-10章非维管束植物基因组 420 第一节绿藻基因组 420 一、绿藻基因组概述 420 二、绿藻基因组特征及其进化 423 第二节轮藻基因组 427 一、轮藻系统发生关系及其基因组 428 二、陆地植物遗产基因 429 第三节苔藓类植物 434 一、苔类基因组 434 二、藓类基因组 438 主要参考文献 444 附录1 植物基因组测序物种清单 446 附录2 主要中英文术语释义 456

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